借款合同纠纷和民间借贷的主要区别在于主体不同，借款合同可以涉及金融机构，而民间借贷只能涉及法人、自然人或其他组织。
借款合同纠纷诉讼时效为三年，借款合同纠纷的常见情形包括利息约定不明、还款期限不明、没有借据和主体不合法。
法律分析
一、借款合同纠纷和民间借贷区别
借款合同纠纷和民间借贷最主的区别是主体不同。借贷合同一方主体可以是金融机构，而民间借贷的主体是法人、自然人或者其他组织，不能是金融机构。
《中华人民共和国民法典》
第六百六十七条【借款合同定义】借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。
《最高人民关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》
第一条本规定所称的民间借贷，是指自然人、法人和非法人组织之间进行资金融通的行为。
经金融监管部门批准设立的从事贷款业务的金融机构及其分支机构，因发放贷款等相关金融业务引发的纠纷，不适用本规定。
二、借款合同纠纷诉讼时效多长
借款合同纠纷诉讼时效是三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，借款合同的当事人约定债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
《中华人民共和国民法典》第一百八十向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
三、借款合同纠纷有哪些
借款合同是当事人约定一方将一定种类和数额的货币所有权移转给他方，他方于一定期限内返还同种类同数额货币的合同。常见的借款合同纠纷包括以下几种情形：
1.利息约定不明;
2.还款期限不明;
3.没有借据。
4.主体不合法，如企业之间的借款合同无效。
结语
借款合同纠纷与民间借贷的主要区别在于主体身份，前者涉及金融机构，而后者涉及法人、自然人或其他组织。根据《中华人民共和国民法典》和《最高人民关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借款合同是借款人向贷款人借款并在到期日返还借款及支付利息的合同，而民间借贷是指自然人、法人和非法人组织之间进行资金融通的行为，金融机构不适用于民间借贷规定。借款合同纠纷的诉讼时效为三年，自权利受损害或应当知道权利受损害之日起计算。常见的借款合同纠纷包括利息约定不明、还款期限不明和缺乏借据等情形。企业之间的借款合同若主体不合法，则无效。
法律依据
最高人民关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定：第十条法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同，除存在民法典第一百四十六条、第一百五十三条、第一百五十四条以及本规定第十三条规定的情形外，当事人主张民间借贷合同有效的，人民应予支持。
最高人民关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定：第十五条原告仅依据借据、收据、欠条等债权凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩已经偿还借款的，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的存续承担举证责任。
被告抗辩借贷行为尚未实际发生并能作出合理说明的，人民应当结合借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、当地或者当事人之间的交易方式、交易习惯、当事人财产变动情况以及证人证言等事实和因素，综合判断查证借贷事实是否发生。
最高人民关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定：第九条自然人之间的借款合同具有下列情形之一的，可以视为合同成立：
（一）以现金支付的，自借款人收到借款时；
（二）以银行转账、网上电子汇款等形式支付的，自资金到达借款人账户时；
（三）以票据交付的，自借款人依法取得票据权利时；
（四）出借人将特定资金账户支配权授权给借款人的，自借款人取得对该账户实际支配权时；
（五）出借人以与借款人约定的其他方式提供借款并实际履行完成时。